Poblematisch war die Gebäudesituation, wie die Kirchenchronik berichtet: „1820 war das Schulgebäude in Werther so baufällig, daß die Grundmauern einzustürzen drohten. Es mußte also ein Schullokal gemietet werden für 40 Thaler jährlich. Auch der Rektor Kreft räumte seine Schulwohnung wegen Einsturzgefahr.“

Nach einigen Schwierigkeiten konnte im Jahr 1825 der Grundstein für eine neue Schule im Wertheraner Stadtgebiet gelegt werden. Sie lag auf dem Overbeckschen Land, hart am Hahnen Kotten (ehemalige „Ampelschule“, jetzt Engerstraße 2) und konnte 1826 eingeweiht werden.

Es wurde eine Verfügung erlassen, dass alle Kinder der Nebenschulen in den anderen Teilen des Kirchspiels zwei Jahre lang die Stadtschule besuchen sollten. Das Verhältnis zwischen Nebenschulen und Stadtschule scheint durchaus angespannt gewesen zu sein, da die Lehrer der Nebenschulen, v.a. wegen des zu zahlenden Schulgeldes, ungern Schüler an die Stadtschule abgaben.

Ein Anbau mit drei weiteren Klassenräumen konnte trotz anhaltender Platzprobleme erst 1881 verwirklicht werden, sodass 6 Lehrer die 450 Schüler wenigstens jahrgangsweise unterrichten konnten. Bereits 1904 wurde eine erneute Erweiterung der Räumlichkeiten notwendig, sodass zwei weitere Klassenräume und eine Hausmeisterwohnung gebaut wurden. 1930 wurde schließlich eine Turnhalle gebaut.

Gerade durch die Flüchtlingsströme um und nach 1945 kamen auf Werther erneut schwierige Schulverhältnisse zu, sodass die Schüler nur im Schichtunterricht versorgt werden konnten, da für etwa 700 Schüler nur acht Klassenräume zur Verfügung standen. Die beengten Verhältnisse konnten erst durch den Neubau der Volksschule an der Mühlenstraße entschärft werden. Die Schulreform von 1968 in Nordrhein-Westfalen, die eine Aufteilung der Volksschule in Grund- und Hauptschule vorschrieb, brachte erneut Probleme mit sich.